肝癌發生的原因主要有以下幾種：
1.病毒性肝炎
主要是乙型與丙型肝炎病毒感染，尤其是乙肝與乙肝病毒攜帶者，其原發性肝癌的發生率要比正常人高出2～100倍；在肝癌的高發地區，約20%的人可能是乙型肝炎或乙肝病毒攜帶者。
2.黃曲黴毒素（AFT）
以黃麴黴素B爲最重要的致癌物質。適宜於高溫、高溼的氣候環境中生長繁殖，尤其是夏季的黴變食物及穀物、飼料等，最易被黃麴黴菌污染而產生黃曲黴毒素，長期食用含此毒素的食物可誘發肝癌。
3.化學致癌物質
能引起肝癌的化學物質以N-亞硝基化合物爲主，如亞硝胺和亞硝醯胺等。此外，農藥、酒精、黃樟素等亦均能誘發肝癌。
4.免疫狀態
有人認爲肝癌患者血漿中含有一種封閉因子，能抑制細胞免疫並保護肝癌細胞不受免疫細胞殺傷。現已證明，甲胎蛋白（AFP）就能抑制淋巴細胞和巨噬細胞的吞噬作用。
5.水源污染
飲用水質的嚴重污染，是肝癌發生的重要誘因之一，尤其是污染的溝水，其次爲河水，井水最低。故在沒有自來水設施的鄉村，應提倡飲用井水。
6.基因突變
近年來，還有人認爲，環境中的突變原和病毒作用激發肝細胞分裂反應途徑的活化，引起細胞的點突變和基因易位，是加速癌細胞增殖的可能因素。
7.其他因素
營養過剩（大量營養素）或營養缺乏（如維生素A、B1缺乏）、血色病、寄生蟲感染及遺傳等，也是誘發肝癌的危險因素。
此外，肝癌的發生還與非血蛋白的核蛋白對細胞週期的調控失常，以及細胞內外因素如環核苷酸、激素、多肽、生長因子及多胺等有關。
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